Sequencen is het bepalen van een nucleotiden volgorde van een DNA fragment, de volgorde van de A,G,C, T/U
Sequencen werkt door DNA fragmenten Taq-polymerase DNA nucletotiden dNTP’s en primers bij elkaar te doen maar er moet ook een 1/100 ddNTP fragmenten. In de PCR machine worden dna meerdere ketens van DNA gemaakt maar zordra een ddNTP aan wordt gekoppeld kan het Taq-polymerase niet verer bouwen omdat het geen OH binding heeft. Aan de hand van gelektroforsese of capillairelektroforese wordt de groote bepaald en met de leptop wordt de hele streng berekend.
Mutaties:
Voordat mensen DNA konden veranderen veranderde DNA alleen aan de hand van mutaties toevalige veranderingen. Een verandering op één nucleotide heet een puntmutatie. Er bestaan drie varianten van puntmutatie:
- Substitutie, een basenpaar wordt vervangen met een ander
- Deletie, een basenpaar die er op een origineel wel was is er nu niet
- Insertie, er is een extra basenpaar ingevoegd
Als gevolg van chromosoommutatie die niet gerepareerd zijn kan een chromosoom vernaderen: - Deletie, een deel van de chromososm is verdwenen
- een duplicatie, een verdubbeling van een deel van de chromosoom
- een inversie, delen van de chromosoom zijn gewisseld
- een transloctie, een deel van een chromosoom zit vast aan een andere chromosoom
Een voorbeeld van translocatie is het syndroom van down waarbij een deel van chromosoom 14 een langze chromosoom blijft hagen bij 21
Een mutatie heeft niet meteen grote gevolgen grote gedeelte van ons dna is niet coderend en heeft dus geen gevolgen, of bij een intron (niet gebruikt gedeelte) of het kan om een wiebelbase gaan (waar het niet uit maakt of het een U of een A is bijv)
BIj een mutatie dat leidt tot een stopcodon kan die een incompleet en/of verkort eiwit leiden.
Een deletie kan leiden tot een verkeerd transleren eiwitten, doordat het de verkeerde 3 baseparen pakt dit is een leesraamverschuiving of een frame shift mutatie. Een duplicatie hoeft geen grote gevolgen te hebben maar het verdwijnen wel.
Het moment van de mutatie kan veel uitmaken bij een geslachtscel heeft dit bijvoorbeeld grote gevolgen doordat veel cellen van het organisme erna dezelfde mutatie heeft. Terwijl bij een cel waarbij er veel andere van zijn maakt niet veel uit, er zijn nog genoeg goeie cellen die de taak kunnen overnemen.
Dit is anders dan bij mutaties in genen die de celcylus regelen, een mutatie daar kan bijvoorbeeld zorgen voor het neit goed functioneren van bijvoorbeeld tumorsuppressorgenen. Dat kan leiden tot ongecontroleerde celdeling en daardoor tumorvorming.
Proto-oncogenen zijn eiwitten die celdeling stimuleren als door mutatie daarbij iets veranderd kan dat leiden tot te veel van het eiwit en weer ongecontroleerde celdeling: tumorvorming.
Dna wordt ook gerepareerd door enzymen die eerst de celdeling vertragen het er uit knippen herstellen en weer verder gaan